Avrupa'daki okullar arasında işbirliğini teşvik etmek suretiyle eğitimde Avrupa boyutunu geliştirmeyi hedeflemektedir. Ortaklıklar, farklı ülkelerdeki öğrenci ve öğretmenlere ortak ilgi alanındaki bir veya daha fazla konuda birlikte çalışma fırsatı sağlamaktadır. Bazı ortaklıklar öğrencilerin aktif katılımına odaklanırken, diğerleri pedagojik veya okul ve eğitim konularına yoğunlaşmakta ve esas olarak öğretmenlerin ve idari personelin katılımını gerektirmektedir. Comenius Okul Ortaklıklarının bazıları dil odaklı olup öğrencilerin ortak ülkenin dilini  tanıma fırsatı sağlamaktadır. Okul Ortaklıkları projenin odaklandığı konu kapsamında yapılacak çalışmalar aracılığıyla; ekip çalışması, sosyal beceriler, proje faaliyetlerini planlama ve yürütme ile bilgi ve iletişim teknolojilerinin kullanılmasında da öğrenci ve öğretmenlerin yetenek ve becerilerini geliştirmelerine  yardımcı olur. Ayrıca, farklı ülkelerden okullarla bir ortaklık içinde yer almak, öğrenci ve öğretmenlerin yabancı dillerini kullanmalarına ve geliştirmelerine imkan vererek ve yabancı dil öğrenmeye yönelik motivasyonlarını artırmaktadır.